À côté de MP3, AAC, WAV et AIFF, le XDJ-1000MK2 prend en charge les formats Sound FLAC et Alac de haute qualité jusqu'à 48 kHz / 24 bits. Une sortie numérique a été ajoutée pour envoyer l'audio sans dégradation, tandis que l'alimentation de l'audio analogique est complètement séparée du circuit numérique pour réduire le bruit.